デジタルPCR(ddPCR)は、高感度かつ高精度な絶対定量を可能とする解析手法です。
当社では、遺伝子発現解析、変異解析、コピー数解析(CNV)、環境DNA検出・定量を対象に、試験計画から測定、解析、報告まで一貫した受託解析サービスをご提供しています。

当社ddPCRサービスの特長

高感度・高精度な定量解析

デジタルPCR(ddPCR)は、PCR反応液を多数のドロップレットに分割して測定することで、標準曲線を用いない絶対定量を可能とした手法です。少量の核酸や希少なターゲットの検出・定量にも適しており、高い再現性を有する解析手法として幅広い研究分野で活用されています。

高精度な解析ニーズに応えるサービス体制

当社では、より高感度・高精度な定量解析ニーズに対応するため、ddPCRを用いた受託解析サービスを提供しています。従来のリアルタイムPCR(qPCR)では評価が難しかった低頻度変異の検出や微小なコピー数変化の評価、低発現遺伝子の定量などにも対応可能です。

試験計画から測定・解析までサポート

核酸抽出、品質評価、逆転写反応(RNAサンプルの場合)、ddPCR測定、データ解析、報告書作成までワンストップで対応可能です。試験計画段階からご相談いただけるため、プライマー・プローブの調達、アニーリング温度検討などの測定系構築を含め、お客様の目的に応じた試験をご提案します。
また、qPCR用のプライマー・プローブをお持ちの場合は、ddPCRへの適用可否についても検討いたします。

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よくあるご質問(FAQ)

Q. ddPCRとqPCRの違いは何ですか？

ddPCRは反応液を多数のドロップレットに分割して測定することで、標準曲線を必要とせず絶対定量が可能な手法です。そのため、低頻度変異の検出や微小なコピー数変化の評価など、高い感度・精度が求められる解析に適しています。

Q. どのような解析に対応していますか？

当社では以下の解析に対応しています。

• • 遺伝子発現解析
  • 変異解析
  • コピー数解析(CNV)
  • 環境DNA検出・定量

試験目的に応じて最適な測定系をご提案いたします。

Q. 感度はどの程度ですか？

測定感度はターゲットやプライマー・プローブ設計によって異なります。
目的に応じて最適な試験系をご提案いたしますので、詳細はお問い合わせください。

Q. どのようなサンプルに対応していますか？

DNAおよびRNAに対応しています。
また、全血、細胞、組織、FFPE検体など、さまざまなサンプル性状についてご相談いただけます。

Q. 核酸抽出から依頼できますか？

可能です。
核酸抽出、品質評価、逆転写反応(RNAサンプルの場合)、ddPCR測定、データ解析、報告書作成まで対応いたします。

Q. 必要なサンプル量はどのくらいですか？

必要量は解析内容やサンプル性状によって異なります。ご計画中の試験内容に応じてご案内いたしますので、お気軽にお問い合わせください。

Q. どのようなプライマー・プローブが使用できますか？

ddPCR測定で使用するプライマー・プローブには、機器仕様上、以下の条件があります。

• • クエンチャー：BHQやNFQなどの非蛍光クエンチャー
  • 蛍光標識：FAM/HEXまたはFAM/VICの組み合わせ

対応可否の確認が必要な場合は、お気軽にご相談ください。

Q. 手持ちのプライマー・プローブを使用できますか？

お客様にご提供いただいたプライマー・プローブを使用して試験を実施することも可能です。
ただし、弊社への搬入前の保管状況や輸送条件による品質への影響については保証いたしかねます。そのため、ご提供品を使用する際には、あらかじめ同意書のご提出をお願いしております。

Q. qPCR用のプライマー・プローブは流用できますか？

プライマー・プローブによっては流用可能な場合があります。qPCR用のプライマー・プローブをお持ちの場合は、ddPCRへの適用可否を検討いたしますので、ご相談ください。

Q. どのようなデータ・納品物が得られますか？

解析結果報告書および解析データを納品いたします。
試験内容に応じて、コピー数定量結果、変異アレル頻度、発現量データ、プロット図などをご提供します。

Q. 見積依頼時にはどのような情報が必要ですか？

詳細は「お見積・ご相談時にご共有いただきたい情報」をご覧ください。

Q. おおよその費用感を知ることはできますか？

試験目的や解析内容によって費用は異なりますが、モデルケースを本ページ下部に掲載しております。
より詳細なお見積りをご希望の場合は、試験内容をご連絡ください。

Q. サンプル数が少ない場合でも、費用が大きく下がらないのはなぜですか？

ddPCR解析では、条件検討やコントロール測定に加え、96ウェルプレート単位での測定を行うため、サンプル数が少ない場合でも一定の費用が発生します。詳しくは「費用の考え方」をご覧ください。

Q. 試験条件が決まっていなくても相談できますか？

可能です。
ターゲット遺伝子やサンプル性状などの詳細が未定の場合でも、試験目的やご計画中の内容を伺いながら測定系をご提案いたします。
未定の項目がある場合も、まずはお気軽にご相談ください。

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報告データ例

結果一覧表例

コピー数定量結果、変異判定結果、発現量データなどをサンプルごとに一覧でご確認いただけます。

プロット図例

変異解析においては変異型と野生型のシグナルを2次元プロット上で可視化し、各ドロップレットの状態をご確認いただけます。

アニーリング温度検討結果例

アニーリング温度検討結果の例です。測定条件の最適化により、安定した測定系の構築を行います。

検出限界検討結果例

検出限界を設定した根拠をご確認いただけます。

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お見積・ご相談時にご共有いただきたい情報

スムーズなお見積り作成のため、可能な範囲で以下の情報をご連絡ください。

未定の項目がある場合も遠慮なくご相談ください。

• ご希望のサービス名
• 生物種
• サンプル性状(DNA、RNA、全血、細胞、組織、FFPE検体など)
• サンプル数
• ターゲット遺伝子名
• リファレンス遺伝子名
• ご希望のプライマー・プローブのメーカー名および製品ID
  ※市販品をご希望の場合は、メーカー名および製品IDをご共有ください。
  ※市販品がない場合でも、配列情報をご指定いただければカスタム品の調達が可能な場合がありますので、ご相談ください。
• 試験目的(遺伝子発現、変異解析など)

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費用・納期について

ddPCR解析の費用は、サンプル数だけでなく、試験目的やターゲット遺伝子、測定条件の検討内容によって変動します。

お見積りは個別作成となりますが、ご参考として費用算出の考え方とモデルケースをご紹介します。

費用の考え方

ddPCR解析の費用には、試験系構築から測定、データ解析、報告書作成までの各工程が含まれます。

• プライマー・プローブの調達 
• 条件検討 (アニーリング温度検討や検出限界検討など)
• コントロール測定 
• 本測定 
• データ解析 
• 報告書作成

そのため、費用はサンプル数だけで決まるものではなく、試験系構築や品質確保に必要な作業を含めて算出しています。

サンプル数が少ない場合でも、費用が大きく下がらないのはなぜですか？

ddPCR測定は、96ウェルプレート単位で実施するため、サンプル数が少ない場合でも一定の試薬費用や測定費用が発生します。

また、本測定前に条件検討が必要となる場合もあります。

そのため、サンプル数が減った場合でも費用が比例して減少しないケースがあります。

モデルケース

ddPCRを用いたコピー数解析

＜仕様例＞

• DNAサンプル
• 最大46検体(2反復測定) ※1
• 標的遺伝子：1種類
• リファレンス遺伝子：1種類
• 標的遺伝子とリファレンス遺伝子をデュプレックス測定
• プライマー・プローブは弊社で準備

＜作業内容＞

• 濃度測定
• アニーリング温度検討
• 本測定

＜参考納期＞※2

• 35営業日

＜参考価格＞※2

• 150万円～(税別)

※1
本モデルケースでは、46検体を2反復測定した場合、サンプル測定92ウェルに加え、陽性コントロールおよび陰性コントロールを含めて96ウェルプレート1枚分の測定となります。
ddPCR測定の費用は96ウェルプレート単位で設定しているため、1～46検体までは同一価格となります。

※2
納期および価格はご依頼内容によって変動いたします。

ddPCRについてさらに詳しく知りたい方へ

ddPCRの原理やリアルタイムPCR(qPCR)との違い、活用事例については、以下の技術コラムでもご紹介しています。

• 第3世代のPCR ～デジタルPCR～ddPCRはここがすごい
• デジタルPCRの技術紹介と受託解析サービス

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