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Während des Verdauungsprozesses geht immer eine gewisse Menge an Protein verloren: Dies wird als endogenes Protein bezeichnet. Endogenes Protein stammt vom Tier und besteht aus Verdauungsenzymen, Galle, Darmschleim und abgestorbenen Darmepithelzellen. Es wird mit dem Kot ausgeschieden.
Obwohl endogenes Protein vom Tier selbst stammt, wird sein Verlust weitgehend von der Ration beeinflusst. Eine geringere Verdaulichkeit im Futter führt zu einem höheren Verlust an endogenem Protein. Das aktuelle System für intestinal verdauliches Protein (2007) berücksichtigt dies durch die Fraktion, die als intestinal verdauliches metabolisches fäkales Protein (MFP) bekannt ist.