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Ammonium (NH₄⁺) wird im Boden durch das Bodenleben schnell aufgenommen und dann in Nitrat (NO3-) umgewandelt.
Der Anteil von Ammonium im Boden ist im Allgemeinen niedrig. Höhere Gehalte treten zum Beispiel nach der Ausbringung von Wirtschaftsdünger auf, und auch langsam wirkende Düngemittel weisen häufig höhere Ammoniumgehalte auf.
Eine Kulturpflanze kann Ammonium aufnehmen. Ammonium könnte sich auch an den Ton-Humus-Komplex (CEC) anlagern, dies ist jedoch ungewöhnlich, weil das Bodenleben es zu schnell umwandelt.