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Il rapporto funghi/batteri indica la proporzione della biomassa fungina rispetto alla biomassa batterica ed è espresso in mg C/kg. Questo rapporto viene calcolato dividendo il carbonio della biomassa fungina per il carbonio della biomassa batterica.
In generale, gli ecosistemi indisturbati presentano un rapporto funghi/batteri più elevato rispetto ai sistemi disturbati. I sistemi biologici e a basso input presentano un rapporto funghi/batteri più elevato rispetto ai sistemi convenzionali arricchiti. Disturbi come la lavorazione del terreno e la rimozione dei residui colturali possono ridurre il rapporto funghi/batteri.