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I batteri possono essere suddivisi in due gruppi distinti:
Questi gruppi differiscono per la struttura della parete cellulare e per la resistenza alle condizioni ambientali.
I batteri Gram(+) (mg PLFA per kg) sono generalmente più grandi dei batteri Gram(-) e possono formare spore. Questo li rende più resistenti alla siccità e allo stress idrico.
Le popolazioni a dominanza di Gram(+) (>1) sono più comuni all'inizio della stagione di crescita e ritornano in equilibrio quando le condizioni del suolo diventano più favorevoli.
Le popolazioni a dominanza di Gram- (mg PLFA per kg) (<1sono spesso associate a forme di stress, come l'aratura e l'uso di pesticidi.
I batteri Gram- possono tollerare meglio questi tipi di perturbazioni grazie alla presenza di una membrana esterna.
Il rapporto Gram (+)/Gram (-) (espresso in mg C/kg) è un'indicazione di perturbazioni e stress.