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Durante la digestión, parte de la proteína endógena -como las enzimas y las células intestinales- se pierde a través del estiércol. Se necesita proteína adicional para reemplazar esta pérdida. Esta fracción se denomina Proteína Metabólica Fecal (MFP) digestible intestinal. Dado que la MFP no está disponible para el crecimiento o la producción, se resta del valor de proteína digestible intestinal:
Proteína digestible intestinal (DVE) = Proteína de bypass digestible intestinal + MCP - MFP.
La MFP depende de la digestibilidad de la materia orgánica de la ración. Cuanto más difícil de digerir sea el pienso, mayor será la fracción MFP (pérdida de proteína) y menor el contenido de proteína digestible intestinal.
En el sistema actual de Proteína Digestible Intestinal (DVE) (2007), la MFP se calcula como:
MFP = 75 g por kg de materia seca no digestible = 0,075 × (D - Compuesto Orgánico Digestible - Ceniza Cruda Digestible).