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Las bacterias pueden dividirse en dos grupos distintos:
Estos grupos difieren en la estructura de la pared celular y la resistencia a las condiciones ambientales.
Las bacterias Gram(+) (mg PLFA por kg) son generalmente más grandes que las bacterias Gram(-) y pueden formar esporas. Esto las hace más resistentes a la sequía y al estrés hídrico.
Las poblaciones dominantes Gram(+) (>1) son más comunes al principio de la temporada de crecimiento y vuelven a equilibrarse cuando las condiciones del suelo se vuelven más favorables.
Las poblaciones dominantes Gram- (mg PLFA por kg) (
Las bacterias Gram- pueden tolerar mejor este tipo de perturbaciones debido a la presencia de una membrana externa.
La relación Gram (+)/Gram (-) (expresada en mg C/kg) es una indicación de perturbaciones y estrés.